微膠囊芯材可以是單一固體、液體或氣體，也可以是固、液、氣諸相混合體。

可用作芯材的物質很多，在不同行業、不同用途中有不同內容。

芯材性質不同則所采用的微膠囊化工藝不同，如用相分離凝聚法時，芯材是易溶的或難溶的均可，但界面縮聚法則要求芯材必須是水溶性的。另外要注意芯材與壁材的比例適當，如芯材過少，則易生成無芯材的空囊。