蛋白層析系統利用不同的層析原理進行蛋白質的分離和純化，其中包括凝膠過濾層析（GF）和離子交換層析（IEX）等。凝膠過濾層析是基于分子篩效應，根據蛋白質分子的大小進行分離和純化。離子交換層析則是根據蛋白質所帶電荷的不同進行分離，具有高分辨率和對樣品的高容納能力。