上海金鵬儀器蛋白純化系統主要利用以下幾種原理進行蛋白質的分離純化：
分子篩層析：也叫凝膠過濾層析，利用凝膠的分子篩性質，基于蛋白質分子的大小不同進行分離。凝膠顆粒內部有許多大小不一的孔隙，當蛋白質混合物流經凝膠柱時，大的蛋白質分子無法進入孔隙，只能在凝膠顆粒之間的空隙中流動，路徑短，先流出層析柱；而小的蛋白質分子可以進入孔隙，在柱內停留時間長，后流出層析柱，從而實現不同大小蛋白質的分離。
親和層析：利用生物分子間的特異性親和能力進行分離。將與目標蛋白具有特異性結合能力的配基固定在層析柱的基質上，當含有目標蛋白的樣品通過層析柱時，目標蛋白會與配基特異性結合而被吸附固定在柱中，其他雜質則直接流出。然后通過改變緩沖液的離子強度、pH 值或使用更強的配體結合溶液，使目標蛋白與配基的結合被破壞，從而將結合的蛋白質洗脫下來，獲得純化的目標蛋白。
離子交換層析：根據蛋白質表面電荷不同進行分離純化。蛋白質是兩性電解質，在不同的 pH 值環境中會帶有不同的電荷。離子交換層析的固定相是由惰性瓊脂糖或者高分子基質與帶電基團共價結合組成，分為陰離子交換層析（固定相帶正電荷，結合帶負電的蛋白質）和陽離子交換層析（固定相帶負電，結合帶正電的蛋白質）。當蛋白質樣品流經離子交換柱時，帶相反電荷的蛋白質會與固定相結合，而其他電荷性質不同的蛋白質則不結合或結合較弱，先流出層析柱。通過改變緩沖液的離子強度或 pH 值，可使結合在柱上的蛋白質被洗脫下來，從而達到分離純化的目的。