采用對全自動的凝膠成像分析系統的深入挖掘和對其所依據的影像學和分析學的理論的準確把握手段，初步揭示了其基本的原理，即將所成像的影像信息經數字化處理后，再經特定的算法將其轉化為有用的信息，從而使其具有了對所成像的物質的自動的、快速的、準確的分析的能力。

全自動的凝膠成像分析系統是將精湛的凝膠電泳技術的獨到之處巧妙的運用，將生物中的大分子根據其大小的不同用電泳將其分離成不同大小的片段，從而為其進一步的分析提供準確的物質基礎。采用對電場的作用手段，帶電的分子在充分的凝膠介質中便可根據其所帶的電荷量和其分子大小的不同而分離成不同位置的帶電粒子從而實現了對帶電粒子的分離。這些在凝膠中形成的不同條帶的成像系統的對比分析，我們就能對所研究的分子的大小、電荷量等基本的形態學的特性都有較為詳細的把握。

我們可以將全自動的凝膠成像分析系統主要包括高效的凝膠電泳的儀器設備、配套的高靈敏度的凝膠染色機、能夠對成像的高精度的凝膠掃描儀以及一系列對成像數據的深入的分析的軟件等。凝膠電泳儀將生物分子分離成不同大小的片段的凝膠電泳儀的輔助下，對凝膠中的生物分子充分的、均勻的、快速的、穩定的地對其進行染色，凝膠掃描儀用于將凝膠中的分子成像并轉化為數字信號，數據分析軟件用于對數據進行處理和分析。